Direktorat Jenderal Kesehatan Lanjutan merupakan unit kerja setingkat eselon satu yang menjalankan sebagian tugas pokok dan fungsi dari Kementerian Kesehatan. Susunan organisasi Direktorat Jenderal Kesehatan Lanjutan terdiri atas:

1. a. Sekretariat Direktorat Jenderal Kesehatan Lanjutan;
2. b. Direktorat Pelayanan Klinis;
3. c. Direktorat Pengembangan Pelayanan Kesehatan Rujukan;
4. d. Direktorat Tata Kelola Pelayanan Kesehatan Rujukan;
5. e. Direktorat Fasilitas Pelayanan Kesehatan Rujukan; dan
6. f. Direktorat Mutu Pelayanan Kesehatan Rujukan.